En contraste con el aspecto austero y hasta parco del exterior, la iglesia de la Virgen de la Luz muestra en su interior una decoración profusa que lo cubre todo, sin dejar apenas ningún vacío. Abundan los motivos de rocalla y también las falsas tribunas con celosía, tan típicas en la obra de José Martín de Aldehuela. El programa decorativo, que se centra en las dos advocaciones del templo, no presenta hoy su aspecto original, ya que ha sido intervenido varias veces, sobre todo en el siglo XX.

En los muros, encontramos seis pinturas que representan escenas de la vida de la Virgen, mientras que las pinturas situadas en los arcos torales, bajo la cúpula, reflejan episodios de la vida de San Antonio. En la bóveda de la nave un gran fresco muestra la gloria de la Virgen de la Luz y San Antonio Abad. Todo el conjunto se completa con las pinturas de los lunetos, donde se representan las Virtudes, y las de las pechinas de la cúpula, donde vemos a San Agustín, San Macario, San Hilarión y San Atanasio.

El programa decorativo se completaba originalmente con los retablos de las capillas laterales, pero éstos se perdieron durante la Guerra de Independencia. Los retablos que actualmente ocupan dichos espacios son casi todos contemporáneos, lo que explica la gran disparidad de estilos que podemos contemplar.