El siglo XX significó para la Archicofradía una época de crisis que casi la llevó a su completa desaparición. Desde comienzos de siglo se observa un gran esfuerzo por parte de las hermandades del Jueves Santo para darle una forma más concreta a la Archicofradía, ante el aspecto poco edificante que daba su desfile. Incluso se llegó a plantear que los hermanos que acompañaban al Cristo de las Misericordias llevasen un uniforme completamente negro, y no el de su propia hermandad, algo que nunca se llegó a concretar.

Pero la Guerra Civil (1936-39) vino a truncar ese empeño. El Cristo de las Misericordias fue destruido, y no fue incorporado de nuevo al desfile hasta el año 1942, cuando se estrenó el magnífico y peculiar “Cristillo”, obra de Luis Marco Pérez. No obstante, las hermandades encargadas de mantener la Archicofradía, a las que se sumó en 1945 la de Jesús Caído y la Verónica, estaban centradas en su propia reorganización, y acabaron desentendiéndose de la institución.

La Archicofradía quedó prácticamente disuelta, y sólo pervivió por el empeño de la Hermandad de Jesús Nazareno (del Puente) que se encargó de mantener el culto al Santísimo Cristo de las Misericordias y, de hecho, llegó a incorporarlo al desfile de su hermandad, donde figuró durante muchos años. Gracias a ello, sería posible la recuperación de la Archicofradía, que se iba a producir ya en la década de los 80 del siglo XX.